A Igreja da Transfiguração foi construída para relembrar o Convento Alekséievski, que já ocupou o local onde fica a Catedral de Cristo Salvador. Parte do complexo da Cristo Salvador, é chamada de igreja inferior.
O templo foi consagrado em 1996, três anos antes da inauguração da nova igreja superior, reconstruída após a demolição pelos bolcheviques. Enquanto o andar superior ainda estava sendo construído, já aconteciam missas no inferior.
Na igreja inferior existem três altares: o principal, em homenagem à Transfiguração, e dois menores: um em homenagem ao ícone da Mãe de Deus de Tíkhvin, e o outro a São Aleixo, o homem de Deus.
Por sinal, é na Igreja da Transfiguração que está guardado o único ícone preservado desde a época da primeira Catedral de Cristo Salvador.
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